Deep Space Nine sa paradoxne neodohráva na kozmickej lodi ale na vesmírnej stanici. Scenáristi seriálu nemohli využiť loď ako prostriedok, ktorá týždeň čo týždeň posunie dobrodružstvá hlavných postáv k inému príbehu, preto prišli s úplne inou koncepciou. Vesmírna stanica je predsunutou hliadkou federácie na území, z ktorého boli po vyhranej vojne o nezávislosť vytlačený Cardassiania. Federácia pôsobí na tomto území ako pozorovateľ, ktorý prišiel na požiadanie vlády planéty Bajora. Okolo nej obieha bývalá cardassijanská ťažobná stanica Terok Nor, teraz v správe Federácie pod označením Hlboký vesmír deväť ( Deep Space Nine ).

        Veliteľ stanice komandér Sisko odhalí po svojom nástupe v blízkosti Bajora červiu dieru, ktorá je natoľko stabilná, že sa vďaka nej dá cestovať takmer polovicou galaxie. Veľmi prepracovaný príbeh, rozvinutý okolo existencie červiej diery a obyvateľov za ňou, využíva na vypovedanie rôznorodosti politických a vojenských záujmov spojených s týmto v galaxii jedinečným priechodom, ktorý vrcholí inváziou nepriateľských armád do priestoru Federácie. Nevyhnuteľnosť invázie vedie ku zjednoteniu doteraz znepriatelených rás v boji za holé prežitie.

        Počas siedmych sezón ( sedem sezón sa stalo pre novo natáčaný Star Trek pravidlom ) sú na pozadí vojny ukázané aj temnejšie stránky členov posádky vesmírnej stanice. Tú tvorí kmandér Sisko ( neskôr povýšený na kapitána ), prvím dôstojníkom je vojenský pridelenec z Bajoru major Kira, za povšimnutie stojí bezpečnostný dôstojník stanice Meňavec Odo, po peniazoch bažiaci majiteľ baru Fereng Quark, ktorého základnou motiváciou je zisk, príťažlivá Jadzia Dax, ktorá zdieľa svoje telo s mimozemšťanom. Nesmieme zabudnúť tiež na šéfinžiniera O'Briena, ktorý prešiel zo seriálu TNG do DS9, a tiež Worfa, ktorý prichádza počas tretej sezóny DS9 a stáva sa okamžite hlavnou postavou.

       DS9 ešte ďaleko viac rozširuje myšlienku spolupráce medzi rasami, na palube vesmírnej stanice sa to nimi iba hemží. V tomto seriály sa tiež objavilo najviac hlavných hrdinov inej rasy ako ľudskej. Zároveň je však počas jednotlivých dielov cítiť istý odklon od pôvodných myšlienok seriálu smerom k väčšej akčnosti a napínavosti. Na tom sa podieľa tiež fakt, že je tento seriál oproti predošlým natočený tak, že diely na seba priamo nadväzujú.